Образовано озеро в 50-е годы прошлого столетия в результате сброса коллекторно-дренажного стока с освоенных земель Голодной степи и паводковых вод, исходящих с Чардаринского водохранилища. Постепенно низменность Арнасая стала наполняться, и котловина Айдар была заполнена водой.
За красивый цвет воды и внушительные размеры, живописное озеро Айдаркуль часто называют «бирюзовым морем в песках». На берегах Айдаркуля проживают не более двух тысяч человек, поэтому природа в окрестностях озера остается дикой и нетронутой.
Берега озера простираются от Нуратинского района Навоийской области до Фаришского и Мирзачульского района Джизакской области.